O Colégio Santo Inácio iniciou suas atividades no ano de 1955, na sacristia da Igreja de Cristo Rei, como uma pequena escola, com o nome de Pré-Escola Apostólica Nossa Senhora de Fátima, uma iniciativa do P. Antônio Monteiro da Cruz, SJ, assessorado por um grupo de educadores leigos. No ano de 1956, passou a ser chamado de Externato Cristo Rei, com regime de semi-internato. Com o aumento de alunos, tornava-se necessário um espaço maior para a ampliação do então Ginásio Cristo Rei.
No dia 1º de março de 1960, data oficial de fundação do Colégio, foi lançada a pedra fundamental, o prédio que ficou funcionando ainda na Rua Gonçalves Ledo, 830. Em 1963, foi transferido para a Av. Desembargador Moreira, 2355 – Dionísio Torres, sede atual, com o nome de Colégio Santo Inácio.
Na história do Colégio Santo Inácio, além de seu fundador, foram diretores os jesuítas: P. Gerardo da Silveira Sá (in memorian), 1963 – 1967; P. José Correia (in memorian), 1967 – 1972; P. Pedro Alberto Campos, 1972 – 1977; P. Antonio Farias Camurça (in memorian), 1977 – 1979; P. Luciano (in memorian), 1980 – 1986; P. Pedro Vicente Ferreira , 1986 – 1988; P. Manuel Madruga, 1988 – 1991; P. Benjamin Gesteira, 1992 – 1995; P. Pedro Vicente Ferreira, 1996 – 2001; P. José Ivan Dias, 2002 – 2005; P. Antônio Tabosa, 2005 – 2008, P. Raimundo Kroth, 2008 – 2010, P. Ponciano Petri, 2010 – 2011.
Todos os diretores que passaram pelo Colégio Santo Inácio deixaram suas marcas e colaboraram com uma das obras educativas da Companhia de Jesus.
Atualmente, a Prof. Albanisa Gomes é a Diretora Geral e o P. Eugênio Pacelli é Diretor Pastoral. Ambos, desenvolvem a gestão com a colaboração de educadores leigos e jesuítas.